При использовании Windows XP, 2000, Vista оптимальным является использование файловой системы NTFS. Несмотря на более скромные требования к системным ресурсам и хорошую скорость работы, файловую систему FAT32 можно считать по многим параметрам устаревшей. Например, она не поддерживает файлы длиной более 2ГБ, т.е. не получится сохранить на нее образ DVD диска или другой объемный блок данных. Проблемным может оказаться эксплуатация FAT или FAT32 при наличии более 1000 файлов в одном каатлоге. NTFS является более современной, крахоустойчивой и защищенной файловой системой, она поддерживает механизмы журналирования, дисковых квот, разрешений на доступ к отдельным файлам и др.